Pada tahun 2005, beliau telah dimasukkan ke dalam Trabzonspor sebagai pengganti penjaga gol Australia Michael Petkovic. Beliau sebelum ini telah memainkan di Brazil untuk Cruzeiro dan Botafogo. Selepas empat tahun berkhidmat di Turki dengan Trabzonspor dan Konyaspor, beliau kembali ke Botafogo pada tahun 2009, di mana beliau dengan mudah menjadi salah satu bahagian penting dalam pasukan, menyelamatkan Botafogo daripada penyingkiran pada tahun 2009 dengan persembahan hebat. Kejayaan beliau tidak berhenti pada tahun 2010, apabila O Glorioso menewaskan Flamengo di peringkat akhir Campeonato Carioca dengan Jefferson menyelamatkan sepakan penalti dari Adriano. Beliau ini dianggap penjaga gol terbaik Botafogo bagi beberapa tahun kebelakangan ini. Setelah dipilih pada Pasukan Tahun Semasa di Kejohanan Kebangsaan Brazil ("Brasileirão"), Jefferson dianggap penjaga gol yang terbaik di negara ini dan satu calon hebat untuk tempat nombor 1 Seleção pada tahun 2014.